各時代に散ったチームが再集結する過程で、シーズン中盤の2部作でマグニートーが死亡する衝撃展開。さらにS1で散ったガンビットがアポカリプスの手で"死の騎士"として蘇り、その力でアポカリプス本体を討つが、魂は彼の中に残り続ける。ローグはアポカリプスを生んだセレスティアル(エソン)と「力の代償に自分の命」の取引を交わし、最終話ではガンビット抹殺に動くX-フォース&X-ファクター連合とX-MENが激突。ガンビットは解放されるが、代償を払ったのはローグではなく——兄ナイトクローラーが妹の身代わりを申し出て自らを捧げた。「私の記憶は種となり、新しい命を育む」。幸福な日常のモンタージュの後、ミュータント排斥派グレイドン・クリード(ミスティークの実子でカートの異父兄)が大統領に当選し、ミスティークがヴァル・クーパーを撃って成り代わる不穏な引きでS3へ続く。